İlçenin İlk Çağ tarihi ile ilgili yeterli bilgi bulunmamaktadır. Yörede herhangi bir arkeolojik kazı ve yüzey araştırması yapılmamıştır. Bununla birlikte Kastamonu’nun diğer ilçeleri ile karşılaştırıldığında, Hanönü’nünde de diğerleri gibi, Paflagonialıların egemenlik kurdukları sanılmaktadır. Büyük olasılıkla burada Hititlerden sonra Frigyalılar, Kimmerler ve Lydialıların egemen olmuş, M.Ö.IV.yüzyılda Perslerin eline geçmiştir. M.Ö.IV.yüzyılda Büyük İskender Anadolu’nun büyük bir bölümü ile Kastamonu yöresini de egemenliği altına almıştır.İskender’in ölümünden sonra yöreyi ele geçiren Pontus Krallığı M.Ö.I.yüzyılda Romalılar tarafından ortadan kaldırılmıştır. Uzun süre Roma İmparatorluğu sınırları içinde kalan yöre M.S.395 yılında İmparatorluğun bölünmesiyle Doğu Roma İmparatorluğu (Bizans) toprakları içerisinde kalmıştır. Bizanslılardan sonra, Danişmendler, Çobanlar ve Candaroğulları egemen olmuş, 1106 yılında Danişmendlerin eline geçmiştir. Anadolu Selçuklularının dağılmasından sonra Candaroğulları yöreyi egemenlikleri altına almışlar ve yöre, 1392 yılında Osmanlı topraklarına katılmıştır. Ankara Savaşı’ndan (1402) sonra Sinop’ta yaşayan İsfendiyar Bey yöreye hakim olmuştur. Osmanlı birliğini yeniden kurmayı başaran Çelebi Sultan Mehmet İsfendiyar Bey’i kendisine bağlamış ve Candaroğullarının Osmanlılara katılmasını sağlamıştır. Bunun ardından 1461’de Fatih Sultan Mehmet zamanında yöre, kesin olarak Osmanlı toprakları içerisine alınmıştır.İlçe ismini, burada bulunan bir handan almıştır. 1848 ’ de burasını ziyaret eden Chankykoff bu hanın bir kervansaray olduğunu belirtmiştir. Ancak, Sinop’ta Fransız Konsolosu olan P.F.Fourcad bunun bir Bizans kilisesi olduğunu ve Osmanlılar tarafından da kervansaraya çevrildiğini yazmıştır.Cumhuriyetin ilanından sonra, bir köy konumundaki Hanönü, 1988 tarihinde Kastamonu İli Taşköprü İlçesi Gökçeağaç Bucağı’na bağlanmış, 1990 yılında da Kastamonu’ya bağlı ilçe konumuna getirilmiştir.İlçeye 25 km. uzaklıkta Saray Gölü mesiresi bulunmaktadır. Bir söylentiye göre de burada bir saray bulunduğu ve Ermenilerin bu bölgede yaşadıkları belirtilmektedir. İlçede tarihi eser olarak Hanönü Hanı bulunmaktadır. Coğrafi Konum : Batı Karadeniz Bölgesi’nde, Kastamonu İli’ne bağlı bir ilçe olan Hanönü, doğusunda Sinop İli’ne bağlı Boyabat İlçesi , batısında Taşköprü , kuzeyinde Ayancık İlçesi , güneyi ise kısmen Boyabat ve Taşköprü ilçesi ile çevrilidir.İlçe Kızılırmak’ın bir kolu olan Gökırmak Vadisi üzerinde kurulmuştur. İl merkezine 70 km. uzaklıktaki ilçenin deniz seviyesinden yüksekliği 415 m.dir. Yüzölçümü 490 km2'dir.