Harmanköy tahminen Frigyalılar zamanından kalma bir yerleşim yeridir. Önce Lidyalıların, sonra Perslerin, daha sonra Büyük İskender'in eline geçmiştir. İskender'in imparatorluğu parçalanınca önce Lysimakhos'un sonra Selevkosların eline geçtikten sonra MÖ 250 civarında Bitinya devletinin eline geçmiş, M.Ö. 87'de Pontus krallığının işgaline uğradıktan sonra MÖ 74'te Roma'ya bağlanmış. Roma İmp.'luğu 395'te parçalanınca Bizans'a bağlanmış, 1074 yılında A.Selçukluların eline geçmişse de 1097 yılında Bizans tarafından geri alınmış ve 1320'lili yıllara kadar Bizans'ın elinde kalmıştır. Cumhuriyet döneminde Bilecik ilinin Söğüt ilçesinin İnhisar bucağına bağlanan Harmanköy, İnhisar bucağının Söğüt'ten ayrılıp ilçe olduğu 1990 yılında bu ilçeye bağlanmıştır. 1200'lülerin sonunda Bizans'a bağlı Harmankaya (Gölpazarı merkezli) tekfurluğuna bağlı olan Harmanköy, daha sonra son tekfur Köse Mihail müslüman olunca Osmanlılara bağlanmış ve daha sonra Mihalgazi bugünkü yerine taşınınca bugünkü ismini almıştır. Önce Anadolu eyaletinin Sultanönü (Eskişehir) sancağına bağlanan, daha sonra Bursa (Hüdavendigar sancağı Ertuğrul kazası) ve Bolu sancaklarına (Göynük kazası) bağlanan Harmanköy, en sonunda 1867'de oluşturulan Hüdavendigar (Bursa) vilayetinin Ertuğrul (Bilecik) sancağının Söğüt sancağına bağlanan bu köy, kurtuluş savaşında coğrafi konumu nedeniyle işgale uğramamıştır. Özellikle Sakarya savaşı öncesi ordunun ihtiyacı olan malzemenin naklinde önemli görevler üslenmiş; işgale uğramış olan İnhisar halkının Harmanköyde barınmaları için evlerini ve işlerini paylaşmıştır.